Здравствуйте,
Срок давности составляет 3 года с момента возникновения обязательства. Срок давности означает, что у должника есть право отказаться от исполнения обязательства. В то же время долг остаётся и не аннулируется.
В вашем случае, так как в платёжке не указывалось за какой счёт делается платёж, то у КТ было право засчитать платёж в счёт погашением старого долга по квартплате, в т.ч. пеня. Что касается графика погашения задолженности, то он начинает действовать с момента подписания и с этого момента считается, что вы признаёте долг и срок давности начинается снова.